Une explosion ayant permis à certains des criminels les plus recherchés de Gotham City de prendre le contrôle de la prison de Blackgate, Batman doit rétablir l'ordre dans la prison de haute sécurité dans un scénario unique qui se déroule trois mois après les événements de Batman: Arkham Origins sur Wii U. Le Joker, le Pingouin et Black Mask ont pris le contrôle de la prison, et avec plusieurs autres redoutables ennemis hantant aussi les lieux, la nuit s'annonce longue et sombre pour le Chevalier noir dans Batman: Arkham Origins Blackgate sur Nintendo 3DS. Avec Batman: Arkham Origins Blackgate, le gameplay d'exploration, de combat et d'enquête de la série s'invite pour la première fois sur Nintendo 3DS. Le Chevalier noir peut s'accrocher, glisser, s'accroupir ou encore grimper dans la prison de Blackgate, surprenant ses ennemis avec des gadgets comme le gel explosif ou son fidèle Batarang. Trouvez des objets cachés en Detective Mode (mode Détection) et ramassez des équipements pour accéder à de nouvelles zones à explorer. Vous pouvez affronter les criminels dans l'ordre que vous voulez, mais faites preuve de prudence car certains adversaires seront plus difficiles à vaincre sans certains outils attachés à votre ceinture. Le système de combat fluide a été entièrement repensé pour la perspective à défilement latéral, avec les ennemis attendant leur tour avant de s'engager dans le combat. Batman peut aussi adopter une approche plus furtive, se tapissant dans les coins sombres avant de frapper en silence ou de déclencher des pièges cachés. Activez le Predator Mode (mode Prédateur) et vous pourrez même voir précisément là où les ennemis regardent, ou si vous êtes sur le point d'être repéré.