Dans KILLING FLOOR 2, les joueurs descendent en Europe continentale où l'épidémie causée par l'expérience ratée d'Horzine Biotech s'est propagée à une vitesse effrayante jusqu'à devenir totalement incontrôlable, paralysant l'essentiel de l'Union européenne. Un mois seulement après la fin des événements du premier KILLING FLOOR, les spécimens clonés sont partout et la civilisation est en totale déliquescence ; les communications sont coupées, les gouvernements sont tombés et les forces militaires ont été systématiquement éradiquées. Les peuples d'Europe ne connaissent que trop bien l'instinct de survie et de conservation et certains survivants chanceux ont heureusement pu se cacher. Mais tous n'ont pas perdu espoir... Des groupes de civils et de mercenaires se sont associés pour combattre l'épidémie et ont établi des bases d'opérations financées par des fonds privés aux quatre coins de l'Europe. En traquant les spécimens clonés infectés, les joueurs vont devoir descendre dans des zones dangereuses grouillantes de Zeds pour exterminer ces derniers.
